Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 62 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan di Kota Yogyakarta maka Struktur Organisasi Kelurahan Klitren, Kecamatan Gondokusuman, Kota Yogyakarta terdiri dari Lurah, Sekretaris, dan 3 ( tiga ) Kepala Seksi.

LURAH ( Akhmad Zainuri, S.Sos ) 

SEKRETARIS LURAH ( Wahyu Widi Enningsih, S.I.P., M.Si ) 

PENGADMINISTRASI KEUANGAN ( Sukiman ) 

KASI. SEKSI PEREKONOMIAN DAN PEMBANGUNAN ( Arif Rohman, B.S.T ) 

KASI. SEKSI PEMERINTAHAN KETENTRAMAN DAN KETERTIBAN ( Subardiyanto, SIP ) 

KASI. PEREKONOMIAN DAN PEMBERDAYAAN ( Budi Sumarwantini )