Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 62 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan di Kota Yogyakarta maka Struktur Organisasi Kelurahan Klitren, Kecamatan Gondokusuman, Kota Yogyakarta terdiri dari Lurah, Sekretaris, dan 3 ( tiga ) Kepala Seksi.

LURAH ( Asruri, S.P. ) 

SEKRETARIS LURAH ( Wahyu Widi Enningsih, S.I.P., M.Si ) 

PENGADMINISTRASI KEUANGAN ( Sukiman ) 

KASI. SEKSI PEREKONOMIAN DAN PEMBANGUNAN ( Ari Widyastuti., S.Si., M.Ak. ) 

KASI. SEKSI PEMERINTAHAN KETENTRAMAN DAN KETERTIBAN ( Oryza Yuliarto, S.E. ) 

KASI. PEREKONOMIAN DAN PEMBERDAYAAN ( Budi Sumarwantini )